Con la llegada de FEMSA, el Club adoptó los valores del grupo empresarial y se enfocó en reconstruir administrativa y deportivamente a la Institución para sanear sus finanzas y sacar al equipo del riesgo del descenso.

En lo deportivo, el Monterrey logró su primer objetivo el 19 de abril de 2000, al garantizar su permanencia en la Primera División tras vencer 6-2 en un partido inolvidable al superlíder Toluca, que a la postre sería campeón de ese torneo.

Luego de que en enero de 2000 había regresado Jesús “Cabrito” Arellano, para los torneos Invierno 2000 y Verano 2001 se incorporaron los brasileños Argemiro Veiga, Flavio Rogerio y Alessandro Correa; el venezolano Juan Arango, y los mexicanos Paulo César Chávez y Héctor “Pirata” Castro.

En la delantera, el director técnico Benito Floro apostó por un joven surgido de las Fuerzas Básicas que hasta ese momento era prácticamente desconocido: Antonio De Nigris.

De Nigris respondió rápido a la confianza del técnico aprovechando los centros de Arellano y Arango para anotar goles en buena cantidad, con lo que acaparó reflectores a nivel nacional y fue convocado a la Selección Mexicana.

 

 

En el Verano 2001, los Rayados terminaron en tercer lugar general jugando un futbol de gran calidad y regresaron a la Liguilla tras 5 años de ausencia. Estaba claro que una etapa de éxitos se estaba gestando.

En 2001, José González Ornelas fue nombrado presidente del Consejo de Administración del Club, con lo cual se iniciaría una marcada institucionalización en su procesos. En diciembre de ese año, Jorge Urdiales fue designado presidente ejecutivo y Luis Miguel Salvador, vicepresidente deportivo.

 

 

El primer gran fichaje de la nueva directiva fue el del técnico argentino Daniel Alberto Passarella, una figura del futbol mundial, quien llegó en el Torneo Apertura 2002.

Junto al “Káiser” también se incorporaron los argentinos Walter Erviti, Guillermo Franco y Pablo Rotchen.

En su segundo torneo, Passarella integró a Luis Ernesto Pérez y al brasileño Álex Fernandes, quienes cubrieron las bajas de Argemiro Veiga y Antonio De Nigris.

Los resultados llegaron casi de inmediato. Rayados tuvo un desempeño espectacular en el Clausura 2003, al terminar en tercer lugar general.

En la Liguilla, el Monterrey eliminó al Atlas en Cuartos de Final y a los Tigres en una Semifinal memorable.

En la Final, los Rayados vencieron 3-1 al Morelia en el partido de Ida jugado en el Estadio Tecnológico el 11 de junio de 2003.

Tres días después, en Morelia, el marcador global ya no se movió y Rayados logró ser campeón de Liga por segunda vez en su historia.

La alegría de la Afición Rayada, que rompía 17 años de sequía, fue indescriptible. La ciudad no durmió, y al día siguiente cientos de miles de personas acompañaron al equipo en un espectacular desfile por las principales calles de la ciudad.

 

 

En el Apertura 2004, Miguel Herrera llegó a la dirección técnica del Monterrey. En ese torneo, Guillermo Franco se convirtió en el segundo campeón de goleo en la historia del Club, al conseguir 15 goles. En la Liguilla, anotó 6 más.

Los Rayados llegaron hasta la Final, aunque no pudieron derrotar a los Pumas. Un año después, en el Apertura 2005, también terminaron como subcampeones, al caer ante el Toluca.

 

 

En el Clausura 2008, el Monterrey regresó al protagonismo de la mano del técnico argentino Ricardo Antonio La Volpe y con un nuevo delantero estelar: el chileno Humberto Suazo.

El famoso “Chupete” logró el campeonato de goleo en ese torneo, al conseguir 13 anotaciones.

En el Clausura 2009, la directiva contrató al estratega Víctor Manuel Vucetich, quien trajo como refuerzos al regiomontano Aldo De Nigris, al paraguayo Osvaldo Martínez y al ecuatoriano Walter Ayoví.

 

 

En el torneo siguiente, la directiva reforzó aún más el equipo con la llegada de los experimentados Duilio Davino y Sergio Santana.

Los Rayados terminaron en quinto lugar general del Apertura 2009. Previo al inicio de la Liguilla, el Club y su Afición sufrieron un golpe devastador por el repentino fallecimiento del exjugador e ídolo regiomontano Antonio De Nigris, de tan solo 31 años.

El plantel se unió en torno  a Aldo De Nigris, hermano de Toño, y ofrecieron una Liguilla espectacular en la que no perdieron un solo partido.

En Cuartos de Final, el Monterrey eliminó al América; en Semifinal, al líder Toluca, y en la Final, doblegó al Cruz Azul.

El partido de Ida contra los cementeros es uno de los más memorables de la historia del futbol mexicano. Los Rayados perdían 3-1 al medio tiempo en el Tecnológico, pero en el complemento consiguieron darle la vuelta 4-3 gracias a dos tantos de Suazo y uno de Santana.

En el partido de Vuelta, disputado el 13 de diciembre de 2009 en el Estadio Azul, Rayados ganó 2-1 con anotaciones de Aldo De Nigris y Humberto Suazo.

¡El Monterrey era campeón por tercera vez en su historia e iniciaba una época de oro!