Hizo su debut con los Rayados del Monterrey en el Torneo Apertura 2017 luego de cumplir su proceso de formación en las Fuerzas Básicas del Club desde la categoría Sub-15.

Desde temprana edad mostró grandes dotes futbolísticos y eso lo llevó a conseguir una Liga de Campeones de la CONCACAF, una Liga BBVA MX y dos Copa MX.

En su búsqueda de crecer futbolísticamente, Jonathan pasó a equipos como Necaxa, Querétaro y Minnesota, donde ganó experiencia personal y futbolística.

En el Clausura 2022 regresó a la Institución para formar parte de Raya2 Expansión, donde se volvió a vestir con los colores albiazules.

En el Apertura 2023 fue considerado por Fernando Ortiz para formar parte del Primer Equipo y seguir haciendo historia con el Monterrey.